Под методом правового регулирования понимаются способы воздействия на поведение участников бюджетного отношения посредством определения их прав и обязанностей.

Основным методом выступает императивный метод, который в юридической литературе иногда называют односторонне-властным, методом властных предписаний, директивным, а ранее именовали административным. Свое название этот метод ведет от латинского imperativus– “повелительный”, что довольно точно отображает его суть. Применяя данный метод, субъект Российской Федерации требует безусловного подчинения и безоговорочного исполнения своих предписаний, выраженных в актах бюджетного законодательства (прежде всего в законе, посредством которого утвержден бюджет субъекта Российской Федерации). Характеризуясь жесткостью и тщательностью регулирования поведения субъектов бюджетных отношений, императивный метод реализуется посредством издания правовых норм, которыми детально определяются их права и обязанности. Субъектам остается лишь выполнять эти предписания, их внутренняя воля подавляется принудительной силой государства. Простор выбора собственного варианта поведения либо полностью исключается, либо весьма ограничен. Невыполнение требований правовых норм, отступление от предписанного поведения влечет применение государственного принуждения и наказание виновного.

Диспозитивный метод (иначе называемый договорным, автономным методом, методом согласования) – по сравнению с императивным методом более мягок в воздействии на поведение субъектов бюджетного отношения, правовые акты, регулирующие данное отношение, не содержат полного комплекса предписаний, некоторые права и обязанности сторон определяются на основе их соглашения. В итоге возникает договорная форма бюджетного отношения. В результате одностороннее веление, выраженное в правовом акте, дополняется двухсторонним актом сторон регионального бюджетного отношения (даже если одной из них является сам субъект Российской Федерации).